Historia til Haugland Rehabiliteringssenter startar i Bekkerhuset, det kvite herskapshuset like over senteret. Her budde overrettsaksførar Christian Bekker (f. 1877), son til Sofie Cecilia Haugland og Frantz Friedrich Bekker.
Christian Bekker fekk i 1906 skøyte på eigedomen på Haugland. Han var ugift og busette seg her i 1945. Han vart ein gamal mann, og døydde i 1980, nesten 103 år gamal. Han hadde då testamentert eigedomen sin til Sogn og Fjordane distrikt av Norges Røde Kors. Bekker sette som vilkår at eigedomane og medel skulle nyttast til humanitære og inspirerande føremål.
Sogn og Fjordane Røde Kors starta restaurering og utbygging på Haugland i 1981, og første byggjesteg stod ferdig i 1985. Hauglandssenteret var då eit ferie-, fritids- og aktivitetssenter for personar med eller utan funksjonshemmingar. I denne perioden vart det også starta leirskule på Haugland. Utbygginga heldt fram, og 24. oktober 1992 vart Haugland Helsesportssenter opna av HM Kong Harald og Erling Stordahl. Anlegget vart realisert grunna Lions sin Røde Fjær-aksjon i 1987, som gav midlar til føremålet.
I 1993 vart institusjonen godkjent som Rehabiliteringssenter Gruppe 1, og fekk namnet Røde Kors Haugland Rehabiliteringssenter. Institusjonen hadde 8 500 kvm bygningsmasse til rådevelde, og dekka for det meste etterspurnad frå Vestlandet. Institusjonen la stor vekt på å byggje opp fagleg kompetanse innan rehabiliteringsfeltet, og utvikla i første omgang tilbod til personar med muskel-/ skjelettlidingar, kronisk smerte og kreft.
Røde Kors si satsing på Haugland førte til at organisasjonen United World College vart knytt til området. I september 1995 vart United World College Røde Kors Nordisk opna av HM Dronning Sonja og Dronning Noor av Jordan. Haugland Rehabiliteringssenter er i dag den største rehabiliteringsinstitusjonen på Vestlandet.
Det er gjennom mange år bygd opp ei solid fagkompetanse ved senteret, og kvart år får over tusen pasientar fagleg tilbod og oppfølging ved institusjonen.
I 2007 vart Haugland Internasjonale Forsking- og Utviklingssenter (HIFUS AS) starta. Her var rehabiliteringssenteret medeigar saman med United World College og Fjaler Kommune, og selskapet var ein sentral aktør i fleire prosjekt. HIFUS vart avvikla i 2019, og rehabiliteringssenteret har i ettertid oppretta eiga FoU avdeling.
